Водата од Вардар е забранета за секаква употреба, Тополка и Бабуна можат да се користат за капење и наводнување. Ова го покажуваат анализите на Центарот за јавно здравје во Велес. Мострите земени од трите реки во општината покажуваат дека Вардар има најголема загаденост и се наоѓа во петта класа додека Бабуна и Тополка во горниот тек се во втора класа според бактериолошката контаминираност.
Анализите на Центарот за јавно здравје откриваат дека Вардар има највисок степен на загаденост.
Квалитетот на водата во реката се следи на пет мерни места. Уште на влезот во градот кај Башино село Вардар е во петта класа. Високата загаденост е присутна дури до мерното место во Гевгелија.
Центарот за јавно здравје го следи и квалитетот на водата во езерото Младост. Зема мостри од четири мерни места. Според анализите, водата има идентичен квалитет како Дојранското Езеро. Бактериолошки се наоѓа во втора класа но има зголемена матност. Специјалистите по хигиена потенцираат дека тоа не се одразува штетно по здравјето на луѓето. Водата може да се употребува за капенње, рекреација и наводнување.
