Скопската котлина изобилува со подземни води. Буквално, градот лежи на вода. Тоа, пред сé, го прави неговата местоположба, околните планини и реките Вардар, Треска и Лепенец.
Подземните води се највидливи во делот на општината Илинден, селата Белимбегово, Кадино и околината, каде што водата се наоѓа на само 50 сантиметри под површината на земјата.
Податоците од УХМР за другите мерни места велат дека во општината Ѓорче Петров подземните води се на 3,5 метри под површината, додека во Карпош на четири метри.
Мерното место кај хотелот „Континентал“ покажува дека тука водата е осум метри под површината, кај ОХИС на 7,5 метри, додека во селото Црешево таа е на пониска кота или на 13 метри под површината. На мерното место во ‘Ржаничино таа е на само 1,20 метар.
Податоците од УХРМ велат дека градот нема да има криза за вода за пиење, барем во наредниве години, па и децении, бидејќи подземните води се присутни во голем дел на котлината, како во крајбрежниот режим покрај Вардар, така и околу подножјето на Водно и на Скопска Црна Гора.
Изворот Рашче е безбеден и има изобилие од вода, пред сé, поради податокот дека ја црпи од басенот, кој се претпоставува дека се наоѓа под Сува Планина, каде што според некои претпоставки, има околу 10 милиони кубни метри вода.