Црквата “Света Богородица” била најголема и најимпозантна црква во градот. Црквата се наоѓала во најголемото маало, Пајко маало. Според Миленко Филиповиќ, црквата била изградена во 1835 година, а работата ја започнал уште во 1809 година зографот Дамјан.
Типот на цркви на кои припаѓала црквата “Света Богородица” не бил многу редок, иако таа била градена според најстарите базилични цркви во Солун, Цариград и на приморјето.
Хаџи Трајко бил првиот ктитор на црквата, а како спомагатели на црквата се споменуваат познатите скопски трговци: Јован Шишко кој подарил куќа и плац за изградба на храмот, потоа Трпе Патишкалија кој за таа цел подарил два дуќана, Петре Зелениковски подарил еден дуќан и меана и др.
Црквата била градена од делкан камен од скопската околина. Од надворешната страна била скромна, просечен базиличен тип со три брода, а западниот дел бил проширен со трем.
Иако надворешноста на храмот била скромна, внатрешноста била складна и убава со богат иконостас од мермер и ореово дрво со длабока резба на Светите Двери и богат архиерејски стол.
Со материјалните средства на црквата “Света Богородица” и на добродетели од градот биле изградени две цркви “ќерки” , а тоа биле црквите “Свети Ѓорги” и црквата “Цар Константин и Царица Јелена”.
Во Соборната црква “Света Богородица” редовно се одржувала богослужба и црквата била најпосетена и најбогата. Реони на црквата “Света Богородица” биле првиот дел на Ново маало, првиот дел на Маџир маало, Карадаг маало и Пајко маало.
За време на Втората светска војна, црквата била запалена од страна на бугарските окупатори и не биле најдени остатоци од богатиот црковен инвентар-иконостасот, олтарот и др.
До Соборната црква “Света Богородица”, се наоѓала запуштена црква, “Света Мина” која била изградена во 1902 година под влијание на грчката (односно влашката) и српската пропаганда и која за време на Првата светска војна била претворена во коњска штала. На идеја на Митрополитот скопски Јосиф и директорот на банката “Вардар”, Милан Јовановиќ-Стојмировиќ, биле урнати двете кули на црквата. Во 1935 год. била обновена и претворена во Црковен музеј на Скопската Епархија. Имала 250 м2 корисна површина и во неа требало да се чуваат икони, фрески и друго. Црквата “Света Мина” настрадала во земјотресот во 1963 година.
Осветување на црквата
На празникот на Воведение на Пресвета Богородица, пред почетокот на светата Литургија, Архиепископот Охридски и Македонски г. г. Стефан, заедно со свештенството од Скопската епархија, ги освети новопоставените икони на иконостасот во црквата на Рождество на Пресвета Богородица во Скопје, а потоа отслужи Архиерејска Божествена Литургија. Верниот народ на Литургијата се причести со Светите Христови Тајни. Иконостасот е изработен од рацете на нашиот познат зограф Никола Цонев, а ктирор е г. Трифун Костовски со семејството.
И, навистина. Приказната за црквата „Света Богородица“, за последен пат возобновена во 2008 година под патронат на поранешниот скопски градоначелник Трифун Костовски, личи на древна живописна разгледница од која многумина ги полазуваат морници.
Чудотворната моќ
Темелите на преубавото камено здание во 1204 година ги поставил македонскиот средновековен владетел Добромир Хрс. Изградбата ја довршил неговиот син Срез десет години подоцна. Црквата „Света Богородица“ во тоа издание постоела дури до 1688 година. Несреќата, која, навидум, ја добила битката со светата земја се случила со спалувањето на Скопје од страна на австрискиот генерал Пиколомини, кога по преданијата била урната од страна на турската војска.
Но, и тогаш, како и сега, скопјани силно верувале дека на црковното место се наоѓа домот на заштитничката на градот и дека на левиот кеј на Вардар никогаш нема да вирее ништо друго освен црква.
И вистина. Возобновена во 19 век, па спалена и брутално ограбена од окупаторите во 1944 година и, конечно, збришана од катастрофалниот земјотрес во 1963 година, по долгогодишно искушеничко патешествие за Скопје, „Света Богородица“ денес од истото место и со препознатлив и автентичен изглед, според верувањата, го штити градот од несреќи.
– Потврдата на долгогодишните верувања дека Богородица истрајно го штити Скопје се случи во времето на комунизмот. По земјотресот тогашната власт реши да не гради повторно црква на истото земјиште туку да изгради културен дом. И кога сите мислевме дека комунизмот е на пат да ја пресече главната аорта на мирот на Скопје, преку ноќ почнаа да се случуваат чуда. Ниту булдожерите и почетокот на градбата не ја избркаа Богородица од местото што ѝ припаѓа. Од нејзиниот дом, во нејзиниот град.
Што и да ѕидаа навечер, наутро мистериозно беше урнато. Работниците беа преплашени од случувањата, а многумина завршија со сериозни повреди и одбиваа да работат.
Двајца, за жал, и загинаа, врз нив, необјасниво, се урнаа тазе изградените темели, и тоа се чини беше знак за властите да се откажат од намерите да го вознемируваат светото место – со возбуда и носталгија ја раскажува познатата приказна дедо Вељо од Скопје, сведок на, како што вели, чудото на света Богородица.
– И тоа е таа приказна за заштитничката на Скопје – вели тој. Приказна за катедралната убавица, која и денес е дом на заштитничката на главниот град. Но, и дом на многу веселби, крштенки, прослави и по некоја солза на скопјани.
Приказна за необјаснивото и за чудното, но не и за невозможното. Приказна за илјадници скопјани на кои на сон им се појавила светицата и им го покажала светиот храм. Приказна за исконскиот стремеж кон духовен мир и за патот до него распослан со мистерии и со преданија, итроштини и вонвременски случувања. И приказна за скопјани, кои под ореолот на света Богородица помирно спијат.
Приказна за Скопје. Кое во себе себично чува илјадници мистерии. И кое уште помистериозно е чувано. Од срцето на Пајко маало.