За чудата кои се случувале во манстирот Свети Наум Охридски Чудотворец постојат многу сведоштва. Тие се жив доказ за светоста на овој храм, и чудотворната моќ на моштите на Свети Наум.
Поп Стеван Ѓорѓевиќ од Охрид го раскажува овој случај, на кој бил очевидец:
Во 1900 годинa седевме неколкумина после службата Божја под настрешницата пред црквата манастирска. Во манастирот во тоа време беше некој младич Ѓорѓи од Епир. Пред неколку недели негови роднини го довеле и оставиле во манастирот. Беше е совршено безумен и вон себе. По цел ден трчал околу црквата без одмор, бладал, зборувал без врска, не барал ни примал никаква храна, а одел је безмалку гол. Додека седевме и разговаравме Ѓорѓи неколку пати го оптрчал манастирот. На нас не обрнуваше внимание, како и да не постоиме. А и ние, веќе навикнати на неговото однесување, не обраќавме внимание на него. Ама наеднаш тој застана спрема нас и почна благо да ја врти главата кон вратите на црквата како да гледа некого. Потоа ги протри со рацете очите и лицето свое, го насочи својот поглед на нас и праша:
-Каде сум ?
Ние му одговоривме: во манастирот на свети Наум. Како ти е Ѓорѓе ? Тогаш тој кажа:
– Бев во некој голем пламен. Пламенот одеше од појасот па нагоре кон главата. И целата глава ми беше во пламен. Но сега еве дојде пред мене еден старец, како свештеник, застана пред мене и дувна во пламенот. Сега пламенот го нема. А старецот влезе во црквата.
Потоа Ѓорѓе погледа на себе, па почнал да навлекува некоја крпа, која му висела низ бедрата. Му донесоа преслека. Тој се облече. После два до три дена го пуштија од манастирот, и тој сам отиде дома.
По силата, која Бог ја дарува на своите светители, и по човекољубието свети Наум наеднаш го исцелил овој човек. Слава на Бога!
Светителот не дозволува да го украдат
Еднаш дошле некои калуѓери од Грција да ги украдат моштите на свети Наум. Игуманот ги примил и угостил незнаејќи за нивната намера. Уште им дозволил, по нивната желба, да преноќат во гробницата на светителот. Таа нивна желба нималку не го зачудила игуманот, бидејќи многу болни и поклоници тоа го прават. После вечерата тие влегле во гробницата со своите торби, во кои под книгите биле лопати, ашови и други справе за рушење и откопување на гробот. Се заклучиле однатре, и кога сите заспале во манастирот, ја почнале својата работа. Но никако не им тргнало. Тие успеале, само да скршат од каменот на гробот. Одеднаш рацете целото тело им се фатиле, така што не мжеле да се помрднат, туку секој останал во онаа полжба во која се затекнал.
Утредента параклисарот сакал да влезе во црквата но не можел. Тропал, тропал, но залудно. Му јавил на игуманот. Сите се собрале, па некако ја отвориле вратата. Кога во гробницата има и што да видат. Сликата била невидена и страшна. Калуѓерите крадци стоеле, клечеле, или седеле како камени кипови. Како кој замавнал со својата справа да удри во плочата, така се фатил и останал како скаменет. Почнал да ги викаат и тресат – но тие само укочено гледале.
Игуманот са браќата брзо припаднал на молитва. Молитвата траела долго, додека крадците најпосле не се отпуштиле и помрднале. Им се одврзал и јазикот, и тие со срам и покајание го исповедале пред сите она што веќе било јасно. Кажале уште, дека некој на тоа ги наговорил. Потоа отишле од манастирот. Фалејќи и благословувајќи го Бога и проносувајќи ја славата на свети Наум чудотворец по светот.
Илјада години лежат моштите на светителот во манастирот. Повеќе пати правени се и чесни и нечесни обиди, да се поместат, но секогаш без успех.
Обителта на свети Наум и кога страда никогаш не оскудува
Огромен број луѓе ја посетуваат обителта на свети Наум. Во турско време манастирот уште служел и за одмориште и преноќиште на сите патници од Македонија и од Албанија за Македонија. Но и покрај сето тоа манастирот никогаш не оскудувал. Имало случаи, манастирот да дојде во крајна беда, но тогаш је изненадно пристигала и чудотворната помош на светителот.
Така една година удрила болест на овците, па пцовисале многу овци и сите овни. Се загрижил игуманот, каде да најде овни за преостанатите овци. И баш кога бил во најголема грижа, дошол човек од село Лесковец кај Преспа и донел четири овна на дар на манастирот. Кога ги предал овните на игуманот му раскажал, што го натерало на такво дело. Му се јавил свети Наум на сон и му рекол: не е право ти да имаш толку овци, а јас да немам. Твоето е само твое, а моето е и народно. Донеси неколку овни во мојот манастир. Кога човекот се разбудил од сонот, сторил онака како му рекол светителот.
